Mã Tân Di nguyên gốc Hồi tộc, sinh ngày 9 tháng 10 năm Đạo Quang thứ nhất, tức ngày 3 tháng 11 năm 1821, người huyện Hà Trạch, phủ Tào Châu, tỉnh Sơn Đông (Trung Quốc). Năm Đạo Quang thứ 26 (1846), đỗ Cử nhân. 1 năm sau, đỗ Tiến sĩ đệ tam giáp, đứng vị trí thứ 6. Sau khi đỗ đạt, được triều đình bổ vào ngạch Tri huyện ở tỉnh An Huy.

Năm Hàm Phong thứ nhất (1851), được chính thức bổ làm Tri huyện Kiến Bình (tỉnh An Huy).

Từ năm thứ 3 (1853), quân Thái Bình tấn công An Huy, Mã Tân Di thường lãnh binh tiễu trừ, đánh bại cả quân Thái Bình lẫn quân Niệp, tái thu phục lại Lư Châu, lập nhiều công trạng.

Năm thứ 5 (1855), kiêm nhậm thêm Tri huyện Hợp Phì.

Năm thứ 6 (1856), thăng Tri phủ An Khánh, vẫn kiêm Tri huyện Kiến Bình, Hợp Phì.

Năm thứ 7 (1857), do có công phá tan quân liên hợp giữa quân Niệp và quân Thái Bình, Mã Tân Di được thăng làm Tri phủ Lư Châu, được ban hoa linh (đuôi công đeo trên mũ).

Năm thứ 8 (1858), được thay quyền Án sát sứ, nhưng không lâu bị cách chức, nhưng vẫn lưu nhậm Tri phủ Lư Châu.

Năm thứ 9 (1859), một lần nữa thay quyền Án sát sứ.

Năm thứ 10 (1860), được triều đình đặt dưới quyền sai khiển của Khâm sai Đại thần Viên Giáp Tam.

Năm Đồng Trị thứ nhất (1862), do có công thu phục lại Lư Châu từ quân Thái Bình, được triều đình cho thay quyền quyền Bố chính sứ An Huy, hàm Án sát sứ.

Năm thứ 2 (1863), chính thức nhậm Án sát sứ, cuối năm thăng lên Bố Chính sứ An Huy.

Năm thứ 3 (1864), thăng Tuần phủ Chiết Giang, nhiều lần tâu trình về triều đình miễn giảm thuế cho dân.

Cuối năm thứ 6 (đầu năm 1868), thăng làm Tổng đốc Mân Chiết.

Năm thứ 7, được điều sang Tổng đốc Lưỡng Giang, kiêm Biên lý Thông thương sự vụ Đại thần.